第二代試管醫生通常通過顯微鏡下精子的形態特征來選擇質量更好的精子。一般來說，形態良好的精子主要表現在頭部光滑、弧度規則、橢圓形、長寬比1.5.頂體區域占頭部面積的40%-70%。尾部可以彎曲，但不能彎曲。這些精子很快向前移動，盡管它們會選擇形態學更好的精子。但也不能保證正常受精。

第二代試管受精技術也被稱為單精子注射，其主要適應癥是嚴重的精子參數異常和精子和卵子結合障礙，通常在卵子單精子注射前優化患者精液，選擇最好的精子受精，具體方法如下：

1.首先，精子應在不同離心力下使用不同的密度梯度離心液。不好或死亡的精子會在離心液上層，可移動的精子可以通過密度梯度離心液收集；

2.其次，離心精子慢慢注入精子上游液底部，活力好的精子可游到上層，選擇這些精子進行下一次檢查；

3.最后，把那些精力充沛的精子放在高倍顯微鏡下，醫生會根據精子形態學的特點選擇高質量的精子。

以上是第二代試管選擇精子的過程，但由于第二代試管受精技術也有其自身的局限性，不能保證每個精子和卵母細胞的結合100%成功，通常影響卵母細胞受精的因素很多。

第二代試管不能選擇最好的精子，醫生只能使用梯度離心法，在顯微鏡下選擇質量相對較好的精子，然后與卵子受精，可有效減少精子受精過程中的不足，消除大多數質量差的精子，選擇活力好、形狀好的精子，提高受精成功率。

雖然第二代試管受精技術給男性不孕癥的治療帶來了革命性的突破，但該技術繞過了自然選擇，可能會將遺傳缺陷傳遞給下一代。因此，在應用中應謹慎，其對后代的影響需要長期隨訪。